הר וגיא הוא בית הספר התיכון הראשון במועצה שמקבל הסמכה כבי"ס ירוק כיון שהצליח לעמוד בחמישה קריטריונים: תכנית לימודים המשלבת תכני סביבה, הפחתה וצמצום במשאבים כגון מים, אנרגיה, שימוש בנייר, מיחזור פסולת ועוד, ניראות ירוקה בשטח בית הספר, פעילות למען הקהילה והנהגה ירוקה פעילה מקרב תלמידי בית הספר.
את הפעילות הירוקה בבית הספר מובילה המורה לכימיה, הלנה זיו, מקיבוץ אלרום לצד מורים נוספים השותפים בעשייה ותלמידי ההנהגה הירוקה בבית הספר, שחלקם חברים בצוות מכיתה ז' ועד סיום י"ב.
רכזת החינוך הסביבתי במועצה אזורית הגליל העליון, יעל אתר פלד: "בית הספר מצליח להתמיד כבר שנים ארוכות בקידום פרויקט שומרים על הנחלים ובפיתוח תכניות ופרויקטים שונים בתחום הסביבה, שמוכנסים באופן בסיסי בתכנית הלימודים של כלל תלמידי התיכון. לצד הפעילות החינוכית נעשית פעילות חברתית ומנהלתית ענפה שמייצרת הצלחות. ישר כוח על העשייה המבורכת של המורים והתלמידים, אני מאחלת לכולנו שבתי ספר נוספים יצטרפו לפרויקט".
